300 év telt el a Föld és Mars közötti véres konfliktus befejezése óta, ami a Balsors Háborúja néven vonult be a történelembe. Cordelia Aina Bernstein, a Marson található Chryse városállam hercegnője egyre többször emeli fel a hangját hazája függetlenedése érdekében, mivel az még mindig a földi kormányzat irányítása alatt áll. A lány védelmét a CGS, egy földi fennhatóság alatt álló privát biztonsági szolgálat látja el, amelynek tagjai között találjuk a marsi árva Mikazuki August és Orga Itsukát. Mikor a Mars függetlenségét ellenző Gjallarhorn katonai szervezet megtámadja a CGS által védelmezett Cordeliát, a cégvezetők pedig magukra hagyja a testőröket a katonasággal szemben, Orga elérkezettnek látja az időt, hogy társaival fellázadjon a Föld elnyomásával szemben. Ezzel egy új konfliktus veszi kezdetét, amiben Mikazukinak oldalt kell választania, miközben kénytelen egy, a Balsors Háborújából hátramaradt legendás fegyverrel, a nukleáris energiával működő Gundam Barbatosszal felvenni a harcot.