A Lovely Complex egy fiú és egy lány közötti szerelmes történet, ami néhol drámai, ám főként a humor dominál. Koizumi Risaegy 172 cm magas lány, aki az átlagos japán lányoknál sokkal magasabb, Otani Atsushi pedig egy 156 cm magas fiú, aki pedig az átlag japán fiúknál sokkal alacsonyabb. Na ők ketten nagyon jó barátok, akik szinte mindig szívják egymás vérét és folyton veszekednek. Mindenki, aki ismeri őket, “All Hanshin Kyojin”-nak nevezi őket egy népszerű duó után, akik között szintén nagy volt a magasság különbség.
A két tanulónak soha nem volt szerencséje a szerelemben és ezért szintén a magasságukat hibáztatják. Ám egyszer mindkettőjüknek megtetszik valaki, akikkel szeretnének összejönni, ám rájönnek, hogy kiszemeltjeik lassan, de biztosan egymásba szeretnek, ezért úgy döntenek, hogy félreteszik saját érzelmeiket és segítenek nekik összejönni. Risában viszont, ahogy egyre több időt tölt el Atsushival, kezd egy furcsa érzés kibontakozni a fiú iránt.